Школа Ньингма тибетского буддизма ведет вое начало от индийского мастера Гуру Падмасамбхавы, который прибыл в Тибет в 817 году н.э. по приглашению царя Трисонга Децена (742-797 г.г.), для подчинения злых духов, препятствовавших распространению буддизма в этой стране. Этот великий учитель, впоследствии известный как Гуру Ринпоче, связал местных демонов обетами и превратил их в защитников и помощников распространения буддизма. Впоследствии он вместе с великим бодхисаттвой Шантаракшитой построил монастырь Самье, ставший главным учебным центром новой религии. Там же на тибетский язык были переведены многие тексты, вошедшие в сокровищницу литературы тибетского буддизма.
Своим двадцати пяти главным ученикам Гуру Ринпоче также дал тайные учения высших классов тантры. Эти первые тибетские посвященные прославились своими духовными достижениями. Так, например, Намкхе Ньингпо мог путешествовать на солнечном луче, Кхадро Еше Цогель воскрешала мертвых, Вай-рочана обладал духовным прозрением, Нанам Еше умел парить в небесах, Кава Пельцег читал мысли других людей, а Джняна Кумара был наделен магическими способностями.
Одновременно с ним в Тибете проповедовали тантрическое учение такие учителя, как Вима-ламиртра, Буддагухья, Шантипа и татрический йогин Дхармакирти. Таким образом, хотя в то время буддийская логика и философия еще не получили в Тибете широкого распространения, практике Тантры отдавалось явное предпочтение, но она хранилась в глубокой тайне.Работа по переводу таких эзотерических текстов, как Kun-byed rgyal-po и mDo-dgongs-‘dus и цикла учений Махамайи, выполненная Вайрочаной, Джняна Ку-марой, Нубченом Сангье Еше и другими переводчиками также проводилась в обстановке глубокой тайны.
Гуру Падмасамбхава видел, что многие из его учеников еще недостаточно подготовлены для передачи большинства других тайных учений, которые он должен открыть, и что время для этого еще не пришло. Поэтому он спрятал множество духовных сокровищ (gterma) в виде текстов, изображений и ритуальных принадлежностей, дав при этом наставления относительно их обнаружения в будущем. Впоследствии более сотни учителей находили эти сокровища Терма, и на их основе давали передачу учений своим последователям. Таким образом, помимо собственно тантрических учений в Тибете существуют линии преемственности, основанные на традиции Терма, и включающие в себя учение Великого Совершенства, или Дзогчен. Эти линии восходят к таким учителям, как Гараб Дорже, Шри Симха, lypy Ринпоче, Джняна Сутра и Вималамитра и представляют собой уникальное наследие школы Ньингма.
Традиция Ньингма разделяет буддийское учение на Девять Колесниц.
Прежде всего это три Обычных колесницы, включающие в себя пути Слушателя, Арахата и Бодхисаттвы и имеющие дело преимущественно с учением, изложенным в сутрах Будды Шакьямуни. За ними следуют три Внешние тантры: Крия-тантра, уделяющая главное внимание практике очищения и внешнего поведения; Упа-тантра, делающая основной упор на развитии как внешних, так и внутренних способностей с целью добиться глубокой внутренней связи с медитационными божествами; и Йога-тантра, главной целью которой является развитие и усиление психофизиологии и жизненной силы человека, преимущественно посредством практики Ваджрасаттвы. И, наконец, три Высшие, или Внутренние тантры: Маха-йога, где основной практикой является практика стадии зарождения, при которой обыденное восприятие и страсти очищаются посредством тайных видений и так называемой “божественной гордости”; Ану-йога, где практикуется стадия завершения, в процессе которой “ваджрное тело” практикующего используется как средство достижения изначального осознания; и Ати-йога, в которой, посредством совместной практики стадий порождения и завершения, йогин превращает в духовный путь все свои обыденные проявления и опыт, согласно учению будды Самантабхадры.
Первые шесть колесниц являются общими для всех школ тибетского буддизма, тогда как остальные три существуют исключительно в школе Ньингма. Постепенно внутри традиции Дзогчен выделились три подшколы, согласно небольшим отличиям в подходе, характерным для разных школ. Школа Ума (Sems-sde) относится к линии Шрисимхи и Вайрочаны, школа Пространства (Klong-sde) - к линии Лонгде Дорже Зампы, Шрисимхи и Вайрочаны, а школа Внутренних наставлений (Man-ngag-sde) восходит непосредственно к линии Гуру Падмасамбхавы, его циклу учений и практики, называемому Сердечное Семя (sNying-thig). Дзогчен является уникальным наследием школы ньингма. В этой традиции среди последователей из числа мирян обычными практиками являются многократное повторение молитв, обращенных к Гypy Ринпоче, празднование десятого и двадцать пятого дней лунного месяца и даже проведение трехлетних или трехмесячных ретритов в одиночку или целыми группами. Существует три линии тантр, согласно истории их происхождения. Линия Мысли Будды, охватывающая учения Тела Истины (Дхармакаи) и исходящаяя от изначального будды Самантабхадры, который, как утверждается, давал учение собранию просветленных существ, эманировавших непосредственно из Дхармакаи. Считается, что этот уровень передачи учения находится полностью за пределами восприятия обычных существ. Линия Держателей Знания (Ригзинов) содержит в себе передачу учений Тела Радости (Самбхогакаи), которые были переданы Ваджрасаттвой и Ваджрапани Гарабу Дорже, жившему в стране дакинь Оргьен. Этот последний в свою очередь основал линию передачи в мире людей. От него линия учений следует к Манджушримитре и Шрисимхе, а затем к Гуру Ринпоче, Джнянасутре, Вималамитре и Вайрочане, который и принес их в Тибет. И, наконец, линия Устных Наставлений, касающаяся учений Проявленного Тела (Нирмана-каи), происходящая от пяти семейств будд и идущая к Шрисимхе, от него - к Гуру Ринпоче, а затем к Вималамирте. Последний и основал линию преемственности этого учения, существующую в Тибете до наших дней.
Из всех перечисленных линий преемственности учения, последняя в наибольшей степени подходит для распространения в мире людей. Тем не менее, учения двух других линий также могут существовать среди продвинутых мастеров Дзогчена.
В школе Ньингма существуют три группы тантрийской литературы: тексты традиции Устной Передачи, Сокровища (Терма) и литература Видении, то есть мистических откровений. К традиции Устной передачи относятся в первую очередь тантры и связанные с ними тексты, принадлежащие к циклу тантр Махайоги, а также коренные и объяснительные тантры цикла Ануйоги, и, наконец, цикл тантр Атийоги, или Дзогчена.
К группе Сокровищ относится огромное число текстов, спрятанных в IX веке самим Падмасмбхавой, и впоследствии обнаруженных учителями, относящимися к категории Тертонов (открывателей сокровищ), а также множество учений, открытых мастерам школы Ньингма в мистических озарениях. К числу этих учителей относятся Ньянграл Ньима Одзер (1124-92), Гуру Чованг (1212-70), Дорже Лингпа (1346-1405), Падма Лингпа (род. 1405) и Жамьянг Кьенце (1820-92), которых называют Пятью Царями Терто-нов. Открытые ими тексты содержат, кроме всего прочего, циклы учений и медитаций, относящихся к Авалоки-тешваре, садханы Гуру Ринпоче, учения Дзогчен, циклы учений Пурба, тексты по медицине и пророчества.
Таким образом, в Собрании Ста Тысяч Тантр, составленном в XII столетии Тертоном Ратна Лингпой (1403-73), и систематизированном Кункьеном Лонгчен Рабжампой (1308-63), в дополнение к обычному буддийскому канону Махаяны, состоящему из Ганджура и Данжура, имеется еще очень большое количество учений и текстов. Кроме того, к богатейшему собранию буддийской литературы школы Ньингма добавились шестьдесят томов сочинения Ринчен Тердзод, составленного Конгтрулом Йонтеном Гьяцо (1813-99), а также сочинения Ронгзома, До-друбчена, Палтрула, Мипхама и многих других авторов. Старейший ньинг-мапинский монастырский университет был организован Шантаракшитой и Падмасамбхавой под покровительством царя Трисонга Децена в храме Самье в 810 году н..э. После этого не было построено ни одного монастыря вплоть до XII века, когда в Центральном Тибете Чокпа Щангчуб Палден построил монастырь Нечунг, а Кадампа Дешег основал в 1159 году монастырьКатхог Кхаме. Это указывает на то, что, в отличие от других буддийских традиций, школа Ньингма до самого позднего периода своего развития не стремилась обрести строгой, иерархически организованной структуры. Только после XV столетия были построены крупные монастыри, ставшие университетскими центрами. К их числу относятся Миндролинг, основанный в 1676 году Ригдзином Тердагом Лингпой (1646-1714) и Дорже Драг, основанный в 1659 году Ригдзином Нгаги Вангпо в Центральном Тибете, а также монастыри провинции Кхам: Палюл, основанный в 1665 году Ригдзином Кунсангом Шерабом, Дзогчен, основанный в 1685 году Дзогчен Пема Ригдзином и Жечен, построенный Жечен Рабджамом в 1735 году. Кроме того, в провинции Амдо были построены монастыри Додрубчен и Дартханг.
Главные монастырские центры, восстановленные в условиях изгнания в Индии - Текчок Намдрол Шедруб Дар-же Линг в штате Карнатака; Нгедон Гатсал Линг в Клементоне, Дехрадун; Палюл Чокхор Линг и Э-вам Гьюрмед Линг в Бире; и Нечунг Драянг Линг в Дхарамсале.
В настоящее время школу Ньингма возглавляет Мендролинг  Ринпоче. Ему предшествовали Пенор Ринпоче, Дилго Кхъенце Ринпоче (1910-1991) и Дуджом Ринпоче (1904-1987). Из ныне живущих крупнейших учителей школы можно назвать Мин-линг Тричена Ринпоче, Трулшинга Ринпоче и Таглунга Цетрула Ринпоче.